Escreveu Pedro Taques: Manoel Affonso Gaya deixou em Santos honrossas memórias dos seos grandes merecimentos, porque soube conciliar um geral applauso, respeito e veneração de todos os moradores de seo tempo. Foi da governança da terra, juiz ordinário em 1630, tendo por companheiro Gonçalo Pires Pancas, foi capitão da gente de Santos, como pessoa de nobreza e diciplina militar, que a exercitou em serviço do rei nos actuaes encontros emcontros a que obrigavam os barbaros indios, que só os da costa Sul, mas também os Tamoyos do Rio de Janeiro, que armados em guerra com multidão de canôas vinham hostilizar os moradores de S. Vicente e Santos, principalmente os que haviam estabelecido além do rio de S. Vicente braço do norte, Bertioga. foram a costa de Santos a S. Vicente inficionadas de piratas corsarios, para cuja defesa actualamente acudiam aos rebates, de sorte que, acabadas as guerras, depois de conquistados os indios Carijós e Guaianazes os mais formidaveis da costa do Sul, ( e rendidos tambem os Tamoyos do Rio de Janeiro depois da seguida e ultima rota que exprimentaram dos soccorros de S. Vicente, Santos e S. Paulo, auxiliando em canôas de guerra de cuja armada foi general Eleodoro Ebano Pereira ao governador geral. Mem de Sá em 18 2 20 de Janeiro de 1567, em que fundou aquella cidade com o nome de S. Sebastião, que foi o protector e tutellar désta difficultosa empresa contra as forças de Nicolau de Villagahon, natural de França e cavalleiro do Hospital, que se havia fortificado náquella enseada e nélla construido regular fortaleza, que foi arrasada por Mem de Sá com os seus, ficando-lhe para memória do triumpho só o nome do sitio, que a corrupção portuguesa ficou chamando Vergalhão ) não tiveram os moradores da capitania de S. vicente as armas ociosas.

  No anno de 1599 occuparam a ilha de S. Sebastião trez náos de hollandezes inimigos, contra os quaes madou D. Francisco de Souza por sua provisão datada em S. Paulo a 7 de Junho do mesmo anno sahir se S. Paulo um soccorro de gente, que se incorporou em Santos ao capitão de infanteria Diogo Lopes de Castro com os moradores das villas de Santos e S. Vicente, para irem atacar o inimigo hollandez. No anno de 1601 os mesmos hollandezes occuparam os mares da ilha de S. Sebastião cum uma grande urca chamada Mundo Dourado ( esta talvez seria a mesma assim chamada que em 1599 veio ao porto de Santos, e só de direitos que pagou a fazenda real, se encarregou em receita ao almoxarife João de Abreu 6:129$678 réis); e navegando um religioso benedictino com varias pessoas em um barco, e outras em uma canôa para o Rio de Janeiro, foram todos captividados pelos ditos inimigos.

  Acudiram os moradores de Santos e S. Vicente por ordem de D. Francisco de Souza, governador geral do Estado que n'este anno se achava em S. Paulo, que mandou ao capitão-mor da capitania Gaspar Barreto que sahisse com o corpo de mil homens e indios flecheiros em armadas de canôas contra o pirata, para cujo effeito mandou o dito governador geral assistir com polvora e bala, e mantimentos necessarios e ficaram victoriosas as nossas armas e rendida a urca com todos os hollandezes cujo capitão era Lourenço Brear, artilharia e mais munições de guerra e prezas, que tudo se conduziu para o porto de Santos, onde por espaço de 50 dias foi guardada a urca pelos moradores, fiando-se esta importante conducta de atividade e seja e zelo de Manoel Pereira Lobo, moço da camara de el-rei, e de Manoel Fernandes Cavaco. finalmente desde 1641 1655 infestaram os hollandezes a costa do sul e portos de Santos e S. Vicente, e no deccurso desses 14 annos deram de perda mais de 100.000 cruzados nos navios, barcos e fazendas que tomaram navegando de Santos para o Rio de Janeiro. Existindo o pirata hollandez n'estes 14 annos, occupando a costa, e apparecendo sobre a barra de Santos um navio, sahio o capitão Manoel Affonso Gaya contra o inimigo sem mais embarcação que uma canôa armada em guerra, e n'esta facção o acompanhou seu genro Antonio Barbosa Sotto Maior, o qual em 1642 foi provido em capitão da gente de Santos, que de antes occupara seo sogro Manoel Affonso Gaya.